Для замены базовой версии бинда на новую, которую собираете из портов, не забудьте поставить галку на против:
[X] REPLACE_BASE Replace base BIND with this version
было дело, лоханулся разочек :)) решил выложить, чтобы другие не наступали на эти грабли.
В скором будущем выложу статью по настройке и установке бинда.