Чтобы получить список приложений, для которых разрешено добавление иконок в трей:
$ gsettings get com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist
['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'Update-notifier']
теперь добавляем в список наш Skype
$ gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'Update-notifier', 'Skype']"
Также, для не любителей консоли, есть утилита dconf-tools, ставим ее
$ sudo aptitude install dconf-tools
запускаем Alt+F2 вводим dconf-tools
и примерно тоже самое делаем в окошке